植物保护学院立足我国独特的生物多样性资源和农业生产方式的多样化条件，围绕生物多样性促进粮食安全，及资源节约型和环境友好型可持续农业为发展目标，将继续在农业生物多样性与病虫害控制及农业生物多样性资源的利用与保护两个方向开展系统研究。一方面，继续组织全院教师积极申报国家及省部级科研项目，尤其是宣传动员全院教师积极申报国家基金项目，开展物种多样性控制病虫害的原理研究及技术体系构建；另一方面，加强学院科技成果转化工作，让更多的科技成果在实际生产中得到推广应用，做好科技服务工作，在我省广阔田野上书写科技服务“三农”的论文。

未来发展的总体目标是深入研究利用农业生物多样性控制病虫害促进作物种质资源保护的基本规律，明确基本原理，创建基本方法，为我国农业可持续发展及西南边境农业生态安全提供理论和技术支撑。具体目标为：

1、完善理论：从遗传、物种、生境和生态系统多样性方面完善多样性控病虫害的原理

2、构建方法：构建利用生物多样性控制病虫害促进种质资源保护技术方法和应用模式

3、提供范例：提供利用遗传多样性、物种多样性和生境多样性的成功范例

4、学术地位：在农业生物多样性利用与保护研究和应用领域保持国际先进

5、人才培养：聚集一支农业生物多样性研究的高水平团队，培养一批博士、硕士等高水平研发人才。