农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室是在植物病理重点学科及云南省植物病理重点实验室长期发展的基础上于2002年经教育部批准建立的。目前拥有15340m2的实验室及3525.2万元的先进配套的研究设备，它主要针对国内外农业生物多样性研发中的重大科学问题，立足我国西南地区不可替代的生物多样性资源优势，围绕粮食安全与资源环境和谐发展的国家重大需求，瞄准国际农业生物多样性研究前沿，自主创新农业生物多样性的科学理论,应用模式,关键技术；突出利用与保护相互促进相得益彰研究特色，探索粮食安全与资源环境保护和谐发展的新理论和新途径。在2005年教育部组织的生命科学的46个重点实验室评估中，被评为优秀，排名第二。2006年参加国家重点实验室评估为良好。目前实验室有博士后流动站1个，植物保护一级学科博士点和硕士点各1个，二级学科博士点和硕士点各4个，有固定研究人员55名，流动人员22名，博士生46名，硕士生235名，是一个以中青年为主的，近年来在国内外十分活跃的重点实验室。
本实验室自2005年以来承担了一系列有关农业生物多样性时空配置增加粮食、控制病虫害和种质资源利用保护的研究课题与任务。实验室固定人员主持及参加了国际、国家、省部级等项目共105项，其中：主持UNEP/GEF 项目1项，973计划1项，863计划4项，国家自然基金项目18项，国家其他项目7项，省部重点项目16项，亚洲发展银行、欧盟科学基金等国际合作项目8项等。研究合同经费12145万元，实到经费7342.04万元。其中，国家经费4065.13万元，占实到经费55.37%;前25项经费4002.5万元，占实到经费54.51%。在国内外学术期刊发表学术论文523篇，其中国外学术期刊57篇；专著13部，其中主编7部，副主编和参编6部；编写教材12部，其中主编教材1部，副主编教材3部；申请国家专利63项，其中授权28项，公开35项；共获国内外奖10项，其中国家技术发明二等奖1项，省部级科学技术进步一等奖2项，二等奖1项，三等奖6项。
目前实验室设置了“农业生物多样性时空优化配置与增加粮食产量”、“农业生物多样性控制病虫害”及“农业生物多样性资源持续利用”三个研究方向，已探明了生物多样性控制病害的“遗传异质理论”及“病原菌稀释和物理阻隔理论”； 提出了生物多样性控制病害的“生态系统综合作用原理”； 实现了作物病害生态控制的技术创新，发明了生物多样性控制病害专利技术16项。粳稻品种多样性优化种植技术推广应用上亿亩；玉米马铃薯多样性优化种植控制病虫害推广应用2000余万亩；烤烟玉米（马铃薯）时空优化种植推广应用200余万亩，增加粮食15亿千克；蔗前玉米时空优化种植推广应用200余万亩，增加粮食4亿千克；葡萄产业提质增效关键技术推广应用2万余亩；高原玉米种植资源多样性利用实现不同海拔梯度育种，冬季玉米大面积制种，保证了种子的常年供应，在东南亚多国获得玉米新品种审定5个。
